现行预算法存在的一个比较突出的问题就是它无法反映部门预算的改革。1999年，我国开始着手预算编制改革，试编部门预算，取得了较好的效果，目前财政部经国务院批准正在大力推广部门预算，但是现行预算法却无法反映这一改革。
例如，预算法第二十九条规定“各级预算收入的编制，应当与国民生产总值的增长率相适应。”该规定较模糊，可操作性较低。预算收入与国民生产总值的增长率相适应，是应该体现在以相同的增长率增长，还是以一定的弹性增长，预算法中没有明确，在预算的实际运行中也没有规律性。如1994年后，我国税收收入连年呈现出超常增长态势，这与我国国民生产总值的增长率之间没有固定的比例关系，否则，在一定程度上可以说这些年的税收收入超常增长违背了预算法；假定预算收入与国民生产总值的增长率之间有固定的比例关系，不同的地区经济发展水平是不同的，某一地区的国民生产总值增长率与全国平均的增长率以及其他地区的增长率都不同，则编制地方预算时，难以确定应该以本地区的增长率为标准还是以全国平均的增长率为标准。可以考虑将该条调整为各级预算收入应保持与本地区当年GDP 的增长率（预测数）相同的增长率，以便实际操作。预算法对政府预算收入机制应做出规范性规定。明确规定税收收入是预算收入的主要形式，彻底取消预算外、制度外收入范畴，并且规范税制，健全完善税法，建立科学有效的征管机制，在此基础上，真正做到“依法治税、税收法定”，预算收入（主要是税收收入）直接受税法影响，预算收入的增减变化直接受税法修改、调整的影响，不受预算支出需求、宏观经济发展变化、宏观调控目标及民主决策等因素影响。
还有一点不能忽视，那就是目前我国财政部门内部各业务部门都有预算编制和执行的职能，这既不利于科学地编制预算，也不利于加强对预算执行的管理。故而，应改革现行集预算编制与执行于一体的预算机构设置和管理体制，取消各业务部门的预算编制职能，将预算编制与预算执行机构分设，明确规定设立专门的预算编制部门以及规定预算编制部门的权利等。预算编制机构全权负责预算编制工作，统一掌握预算编制政策与标准。预算的执行部门负责预算计划的具体执行，各司其责，相互分离，以保证财政预算计划执行的严肃性、公开性。
无论任何制度改革包括预算法完善都无法离开来自各方面的监督而独立施行，一方面为了群策群力，另一方面也不失监督制约。立法机关参与到政府预算政策或预算“盘子”的制定工作即预算编制工作，是世界各国的通行做法，也是体现预算的立法监督约束性的重要形式。预算法可以考虑授权人大财经委员会设置以专业人员为主体的预算编制、审核专门委员会或机构，由其编制政府预算“参考案”，内部使用，不具有法律意义，但反映人大的预算意见，作为审批政府提交的预算案大参照，并具体负责预算的检查与评估；同时，国务院和财政部下达编制下一年度预算的指示和要求时，应该反映人大常委会的预算编制意见和建议，从而形成一种“专业化牵制”，以弥补因预算管理专业化给预算编制和立法机关审查批准预算带来的困难。另外，考虑到政府预算的逐步细化和复杂化，预算法也应大力鼓励国内学术团体、学派、科研机构、高校、社会专业人士等社会力量为政府提出预算意见或专题意见，甚至受托参编政府预算，使政府预算在更广泛的基础上编制而成，真正提高政府预算草案的质量。
预算法律制度的完善是一个很重大的课题，有很多问题不能在这篇短短的小文中论述到，如对关于政府采购的法律确认与相关规范问题，国库集中收付的法律调整，如此这般等等，也有很多能够提到却没法很完全的展开的问题。无论如何，路漫漫其修远兮，吾将上下而求索，作为一个切入点，本文仅仅是开了一个头，而预算法制度改革，还是一个需要我们为之付出大量精力的课题，可能其意义说出来没有气动山河那么壮大，但是我们担负的责任和我们身处的环境都没法让我们像很多人那样只是动动嘴皮子而已，更多时候，我们必须付出更多！
