当前金融税收存在的主要问题是：第一对金融机构和金融工具开征的税种不健全，很多领域没有到位，或界限不清。第二很不规范，不很稳定，减免的情况太多，也不合理。第三尚存在一些特殊问题，如财力的分配干扰影响金融税收。重复征税问题比较普遍。
为此，完善与稳定和税收制度的发展对策应是：
一、进一步明确金融税收政策的指导思想
（1）有利于防范和分散金融风险，健全金融制度， 稳定金融秩序，促进公平竞争，和国际社会接轨，吸收外国金融投资。所谓金融税收是指对金融机构（一是包括除中央银行之外的其他任何银行；二是包括除银行以外，其他诸如信托投资业、融资租凭业、证券业、投资基金业、保险业、金融期货业等非银行金融机构）和金融工具（又称金融产品）（包括储蓄贷款、票据贴现、信用卡结算、股票、彩票、债券、金银买卖、外汇交易、期权期票等衍生金融）的征税，然而金融机构与金融工具作用的发挥又是通过金融市场来实现的，金融市场发育的程度和金融机构金融产品的创新又紧密联系在一起，因此，研究金融税收政策，必须同时研究金融机构、金融工具、金融市场，把三者联系起来研究，这三者也是我国金融体制改革的三大目标。我国的金融税收政策在很大程度上受金融市场起步与发育兴起与成熟的不同阶段，不同情况的制约，而且金融市场在发育成熟过程中又不是一帆风顺的，有金融风险、金融环境，国际金融形势等诸因素的影响，所以金融税收政策必须有利于对这些因素的反映和解决。
（2）有利于密切财税和金融业的相互关系。 人们往往只看到政府对金融业征税是一种负担，但是却看不到政府通过税收制度对金融业的影响：第一，税收对金融业起着导向作用。因为税收开征与停征、税收减免、税率的升降对金融业，尤其是对证券业风险性、投机性起着高与低、扩张与抑制的影响，可以增强股民的风险意识和投资意识。第二，税收对金融业起着监控作用。通过税收业务，尤其是税收会计可以对金融业财务会计活动的真实性、合法性、效益性，对金融成本和规模、频率进行监控，有利于金融业的健康发展和秩序的稳定。第三，通过税收，调节资金合理流向，达到对金融资产和资源优化配置的作用。第四，通过征收金融业流转税或者财产税可以调节金融业的“价格”和规划预期效益。
（3）有利于增加财政收入，防止税收流失。目前， 金融业的税收占财政收入8％，是政府财政收入重要来源之一。如果税收政策适当，税收收入是相当可观的。
二、金融税收的种类和政策取向
（2）从金融的直接税收来说，要加大力度。有居民个人、 公司企业金融资本的增益所得税，银行金融业、证券保险业、基金业的所得税。个人储蓄存款利息所得税。法人和居民个人股票交易所得税等。有的可以试点，有的可以创造条件，有的需要健全和完善。在淡化金融间接税，待金融业发育起来后，有了收益再征收直接税，这符合金融业的发展要求，又符合金融业的财政观点。首先要完善法人证券交易所得税，对证券交易或转让的增益所得也是一种广义资本所得，对证券资本因买卖而发生的增值所得或资本利得，是由证券资本价格波动的结果。以纳税人的实际负担能力为纳税原则，除新加波、马来西亚不征之外，世界上大多数国家如美国、英国、法国、日本等都开征了证券交易所得税或资本利得税，我们也应当开征，这对证券业和财政也都有重要意义。由于证券资本的增值包含不可预期所得，包含通货膨胀的因素，它是一种投资承担风险成功的报酬，所以对这种资本增益应给予较宽的优惠，规定适当的免税额或扣除额，可以参照我国目前开征特许权使用费征税的做法。对于买卖国家发行的公债所得可以按实际常规给予免税待遇。对于中长期证券交易所得给予税收优惠，如对卖出持有两年以上的证券所得可以减半或减少一定比例交纳所得税，这些都是可取的，这是对法人证券交易所课税的征收。
关于征收个人股票交易所得税问题。我国现阶段在对个人股民的股票交易不纳税的情况下，用印花税来补充所得税的空白。免收股票交易所得税从宏观上看，有鼓励投资者参与股市的一面，但也存在着一定的负面影响。在股票市场比较成熟的情况下可考虑开始试点征收个人股票交易所得税，理由是：一是1994年国家宣布到1998年的股票转让所得暂不征收个人所得税。鼓励了股市发展，保护了股民的积极性。二是股票转让个人所得税，目前还是集中在小部分人身上的一种所得税，对全国经济影响不大，不象银行个人储蓄那样大众化。三是从税源的角度看，个人证券交易是一个巨大的、潜在的税源。美国证券行业吸引的资金约占全国资金三分之一，银行业占三分之二。这些国家，个人从事股票交易的所得税都是不能免的，只是交纳的方法不同。四是现在我国试点开征对全社会来说，是十分必要的和十分合理的。非金融机构和个人的证券（股票）行为一直免征营业税，促进股市造就出的百万、千万富翁，其股票交易收益如果对所得税不征收，这种影响是负面的。五是征收股民个人股票交易所得税的最大顾虑是影响市场的个人参与。个人股民的资金与银行的个人储蓄有直接联系，个人储蓄多，银行贷款增多，反之，个人股民入市的多了，银行储蓄就要下降，银行工商企业贷款就相应减少。从国家金融市场总额来看，此消彼涨，此涨彼消，只是不同市场不同资金的转换。
关于开放型、封闭型基金的课税问题。德国有这方面的规定，例如，依照德国对投资基金的划分为三类。一是公开基金在德国联邦银行监管局注册的，公开分配，履行公众要求的基金，是履行纳税义务。二是半公开基金即没有在德国注册，但委派了德国纳税代理人，并提供有关纳税资料，正当证据备案。三是封闭型的其他外国基金，实行部分一次总值征税法。
关于开征居民个人储蓄存款利息所得税问题。我们认为，改变目前利息所得税的免税条款实行限额征收。《个人所得税法》规定对个人的储蓄存款利息，国债和国家发行的金融债券利息免征所得税。这一规定在维护个人及家庭的生计和国家财政方面起着一定作用。但从当前形势看，这一规定给有资产的人提供一条合法避税的道路。因此，有学者主张，对个人购买国债和国家发行的金融债券的利息征收预提税。对此，我们认为，鉴于取得这些利息既有富人又有穷人，若一律取消免税规定恐怕难免矫枉过正。我们建议，应对个人的免税储蓄存款总额和国债等的免税（国债免税有国际惯例）购买总额作出规定，个人存款或购买国债等总额超过法定金额就对其超额部分利息应征预提税。
三、改善金融税收的征管方式，加强银行与税收的配合
四、必须加强金融税收的法制建设
上述提到的金融税收的直接税收和间接税收以及征收管理制度，有的要单独立法，如证券交易税法。有的要在其他相关法律中规定金融税收制度，如《证券法》中应有证券交易税和证券所得税的条款，有关银行和税收的共同的问题可共同立法，或在各自的立法领域中有相互交叉、相互渗透、相互监督的规定。总之，在九届全国人大期间，最理想的是把《税收基本法》立起来，《税收征管法》修订好，《遗产税法》、《证券交易税法》出台，对生产流转领域最大税种增值税立法有个眉目。必须实行法治税，以保证金融税收政策、税收制度的延续性、稳定性、公开性、权威性。在实行依法治税的同时，必须实行依法治行，对已颁布的四部金融法必须严格执行，这也有利于金融税收制度的建立和完善。
